古意（陈松勇 饰）、郭天和明郎（江宏恩 饰）三人是情同手足的死党，彼此之间关系十分要好。然而，明郎误入歧途和黑道产生了瓜葛，身为警察的古意和郭天不得不同昔日好友兵戎相见。走投无路之际，明郎将自己刚刚出世的孩子托付给了古意照顾，之后跌落了山崖。
　　在古意的悉心照料下，明郎的孩子渐渐长大，古意为其取名为阿郎（江宏恩 饰），以纪念他的父亲。静华（徐敏 饰）是郭天的女儿，一次偶然中，她在就职的学校里同阿郎相遇了，随着时间的推移，两人之间渐渐产生了真挚的感情，这让同样喜欢着静华的阿郎的弟弟宗胜（刘至翰 饰）感到十分不是滋味。

　　一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

　　萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。
　　相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，产生魔法反转的奇异现象。透过大甜甜与亮晶晶的联络，艾瑞克得知谜亚星掉落在夸特诺基地，急切想知道找寻萌骑士团下落，但又察觉本人身体里产生奇怪的能量，艾瑞克失控了！

　　故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。